国家统一和民族团结始终是中华民族历史发展的主流。历代统治者采

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依据题干和结合所学知识，元朝建立后，在中央由中书省掌管全国的行政事务，下设吏户礼兵刑工六部，分馆各项事务，元朝还在中央设立枢密院掌管军事，并以中书省掌制枢密院。另外在元朝的中央设立御史台和宣政院。御史台负责监察，宣政院统领宗教事务和管辖西藏地区。元朝中书省、枢密院、御史台、宣政院机构的建立，使元朝能对幅员辽阔、民族众多的大一统封建国家实行强有力的管辖。元代疆域辽阔，战争频繁，为了便于管理，元代在地方实行了行省制度。即除设置中央一级的中书省（统辖山东、山西、河北和内蒙古等地）外，又将全国划分成十个大的地方行政区域，每个行省下设路，府、州、县四级地方行政机构。C选项符合题意；秦朝建立了专制主义中央集权制，规定最高统治者称皇帝，皇帝拥有至高无上的权利，凡行政、军事、经济等一切大权，均由皇帝总揽。在中央设丞相、太尉、御史大夫。丞相掌管政事。太尉掌管军事，御史大夫掌管监察百官。在地方全国分成三十六郡，以后又陆续增设至四十余郡。郡下设县，这些郡县完全由中央和皇帝控制，是中央政府辖下的地方行政单位。中央集权的制度从此确立。A选项不符合题意；“罢黜百家，独尊儒术”是董仲舒提出，在汉武帝时开始推行。它维护了封建统治秩序，神化了专制王权，因而受到中国古代封建统治者推崇，成为两千多年来中国传统文化的正统和主流思想。B选项不符合题意；清朝乾隆帝平定回部大小和卓叛乱之后，设置伊犁将军，管辖包括巴尔喀什湖在内的整个新疆地区。D选项不符合题意；故选：C。