《萨马拉斯颂歌》1958年被正式确定为现代奥林匹克运动会永久

A项，《萨马拉斯颂歌》是一曲优美而庄严的古典管弦乐曲，由希腊人斯皮罗斯·萨马拉斯作曲、科斯蒂斯·帕拉马斯作词，曾在1896年雅典第一届奥运会开幕式上演奏过。直到国际奥委会1958年在日本东京举行的第五十五次会议上，才正式决定将这首歌曲作为奥运会的永久性会歌，也称为《奥林匹克颂歌》，选项表述正确，排除。
B项，《奥林匹克颂歌》在开幕和闭幕仪式上都要演唱，选项表述正确，排除。
C项，《萨马拉斯颂歌》是一首古希腊管弦乐曲，并不是从古罗马管弦乐改编的，选项表述错误，当选。
D项，奥林匹克会旗为白底无边，中央有五个相互套连的圆环，即我们所说的奥林匹克环，环的颜色自左至右为蓝、黄、黑、绿、红。国际奥委会会旗系1913年根据皮埃尔·德·顾拜旦的构思而设计制作的。1914年为庆祝现代奥林匹克运动恢复20周年，在巴黎举行的奥林匹克代表大会上首次升起。而《萨马拉斯颂歌》出现时间是1896年，早于五环旗，选项表述正确，排除。
故本题答案为C选项。

答案：C