专制主义中央集权制度作为中国古代政治的核心体制，自秦建立，经

（1）第一小问“职能”，根据“上佐天子理阴阳，顺四民，下育……内……外……”得出：掌丞天子，助理万机。第二小问“区别”，根据所学可知，秦朝的丞相为百官之首，位高权重；而汉武帝时的丞相则被列入外朝，职能渐趋侧重执行；决策权被内朝分割。（2）第一小问“运作程序”，根据材料“唐代中书、门下、尚书三省职权的分配……中书省主管命令的拟定……门下省对每一道命令都有副署权……送到尚书省执行”可知，中书草拟，门下审核，尚书执行。第二小问“优点”，根据材料“这样，在最高决策权和最高行政权之间形成了一种较为有效的权力制约机制”并结合所学可知，三省相互牵制，防范宰相擅权；利于减少决策失误，提高行政效率；弥补政务繁忙而宰相才干不足的缺陷；同时对皇权有一定的制约作用。（3）材料中“政府由一个皇帝来独裁……讲明清两代是可以的”并结合所学可知，明太祖废除中书省、丞相，皇帝直统六部；清代更是设南书房、军机处等分割议政王大臣会议、内阁的权力，军机大臣跪受笔录、上传下达，权力全部落入皇帝一人手中，君主专制达到顶峰。据上述分析作答即可。

（1）职能：掌丞天子，助理万机，或据材料具体展开。区别：秦朝宰相位高权重，辅助皇帝处理政务；汉武帝时期通过设置内朝，牵制以丞相为代表外朝机构，丞相决策权被分割。（2）运作程序：中书草拟，门下审核，尚书执行。优点：对皇权有一定的制约；三省相互制衡，防范率相擅权；利于减少决策失误，提高行政效率；程序运行，分工明确，标志官僚政治成熟。（3）明代废丞相，设内阁。清朝设立军机处，皇权达到顶峰。